Ki Seno Nugroho meninggal dalam usia 48 tahun, meninggalkan istri Agnes Widasmoro dan 3 putra, Anglir Kinanti, Gading Pawukir dan Djenar Nyimasayu. Jenazah dikebumikan, Rabu (4/11/2020), pukul 13:00 WIB, di Makam Semaki Gede, Yogyakarta. Meninggal di rumah sakit akibat dari serangan jantung.
Selamat Jalan Ki Seno Nugroho.***