Adapun jalan tol yang melintas di wilayah Kabupaten Kulon Progo akan melewati 17 desa. Berikut ini daftarnya:
17 Desa di Kulon Progo yang Terkena Proyek Jalan Tol
1.Desa Hargomulyo
2.Desa Karang Wuluh
3.Desa Janten
4.Desa Kebonrejo
5.Desa Temon Kulon
6.Desa Temon Wetan
7.Desa Kaligintung
8.Desa Kulur