Rakyat Maluku akhirnya bangkit mengangkat senjata di bawah kepemimpinan Kapitan Pattimura.
Sebagai panglima perang Kapitan Pattimura mengatur strategi perang bersama para pembantunya.
Sebagai pemimpin ia berhasil mengkoordinir raja raja dan patih dalam melaksanakan kegiatan pemerintahan.
Memimpin rakyat, mengatur pendidikan, menyediakan pangan, serta membangun benteng-benteng pertahanan.
Dalam perjuangan menentang Belanda ia juga menggalang persatuan dengan Kerajaan Ternate dan Tidore, raja-raja di Bali, Sulawesi ,dan Jawa.
Di Saparua ia dipilih oleh rakyat untuk memimpin perlawanan. Untuk itu ia pun dinobatkan bergelar kapitan Pattimura.
Pada 16 Mei 1817 perlawanan rakyat Maluku yang dipimpin oleh Pattimura berhasil merebut benteng Duurstede di Saparua,. Setelah itu perlawanan Pattimura meluas ke Ambon, Seram, dan tempat-tempat lainnya.
Setelah Belanda berulang kali kalah melawan pasukan Pattimura , Belanda akhirnya meminta bantuan pasukan dari Jakarta.
Keadaan menjadi berbalik. Belanda semakin kuat sementara rakyat Maluku semakin terdesak. Akhirnya Pattimura tertangkap Belanda.
Pada tanggal 16 desember 1817 Pattimura menjalani hukuman mati di tiang gantung di depan benteng Victoria.