Jalur 5A
Terminal Jombor, Jl Magelang, TVRI, Boplaz, Jetis, Kosudgama, SMA De Britto, Amplaz, Janti Bawah, Babarsari (UAJY), Seturan, UPN, Condongcatur, Pakuwon Mall, Manggung, Jakal, MM UGM, Karangjati, Terminal Jombor.
Jalur 5B
Terminal Jombor, Monjali, PDAM Jetis, MM UGM, Jakal, Kentungan, Condongcatur, JIH, Stikes HGuna Bnagsa, Seturan, Babarsari, Trasmart, Maguwo Sambilegi, Bandara Adisutjipto, Jayakarta, Janti, Jogja Bisnis, Wanitatama LPP, RS Bethesda, Kridosono, RS YAP, Jetis, Boplaz, Jl Magelang, Terminal Jombor.
Jalur 8
Terminal Jombor, UTY, Kronggahan, Queen Latifa, Demak Ijo, Mirota Godean, Jlagran, Malioboro 1, Malioboro 2, Malioboro 3, Jal Ahmad Dahlan selatan, Ngabean, Pasty (Jl Bantul, Rusun, Ringroad Selatan, Jl. Parangtritis, Pugeran, Tamansari, Ngabean, Jl Ahmad Dahlan utara, Jl Bhayangkara, Degan, Demak Ijo, Unias, Kronggahan, UTY, Terminal Jombor.
Baca Juga: Festival Dolanan Tradisional di Magelang Jadi Bentuk Melestarikan Warisan Budaya
Untuk dapat menaiki Bus Trans Jogja, untuk tarif tunai pengguna umum atau reguler terkena biaya Rp3.600. Sementara itu untuk pelajar Rp60 saja.
Apabila penumpang reguler berlangganan, maka hanya membayar sebesar RP2.700 saja.
Pembayaran ini dilakukan menggunakan kartu menggunakan sistem tapping. Atau bila tidak bisa membayar menggunakan gopay.