-Sekretariat Jendral: 59
-Inspektorat Jendral: 3
-Direktorat Jendral Perhubungan Darat: 855
-Direktorat Jendral Perhubungan Laut: 276
-Direktorat Jendral Perhubungan Udara: 542
-Direktorat Jendral Perkeretaapian: 180
-Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan: 537
-Badan Penelitian & Pengembangan Perhubungan: 34
-Badan Pengelola Transportasi Jabodetabek: 14